Dans près de toutes ses activités BEES est en collaboration avec d’autres organisations. Celles-ci sont partenaires dans la mise en place de projet ou soutien moral des actions de BEES. Parmi elles figurent :
- Le Ministère Béninois du Cadre de Vie et du Développement Durable
- Le Ministère de la Culture et du Tourisme
- Le Ministère de l’Énergie, de l’Eau et des Mines
- Le Centre de Partenariat et d’Expertise pour le Développement Durable (CePED)
- Le Forum Biodiversité du Bénin
- Foundation for Environmental education
Partenaires stratégiques
- Ramsar
- UNEP
- AEWA
- IUCN
- FFEM
- Wetlands International
- Both ends
BEES est également membre des organisations suivantes :
- Coalition verte
- Pro Environnement
- Forum Biodiversité
- Coalition pour le Tourisme Durable et Solidaire
- International Primatology Society (IPS) USA
- IUCN
Bees est point focal (représentants) des organisations suivantes :
- Réseau Mondial des Zones Humides (world wetland network)
- ENO Environment Online
- Plant for the Planet
